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COVID-19 et variants - Séquençage : ce processus complexe et important

L’ Omicron, considéré comme un « variant d’intérêt », tient le monde en haleine. Face à ses multiples mutations, de nombreux pays ont préféré fermer leurs frontières par mesure de précaution pour empêcher sa propagation. Tous attendent de savoir si ce nouveau variant de la COVID-19 est plus virulent et plus mortel que le Delta. Seul le séquençage, basé sur un échantillon prélevé parmi les cas positifs, peut permettre de déterminer le type de variant en circulation dans un pays. 

Mais c’est un processus complexe qui prend du temps. Il peut durer au moins 72 heures, selon le Dr Shameem Jaumdally, Senior Research Scientist à l’University au Cape Town Lung Institute. Il ajoute que le processus comprend plusieurs étapes. L’une d’elles est l’extraction du matériel génétique, qui prend environ une heure, l’analyse de sa quantité et de sa qualité avant qu’il soit passé dans une machine appelée un séquenceur avec des réactifs pour séquençage, ce qui dure environ 48 heures. Les données sont sous la forme d’une sorte de code génétique qu’il faut alors interpréter pour connaître le variant du virus. C’est à un bio-informaticien de faire l’analyse et d’aligner les codes génétiques. 

Durant la conférence de presse du National Communication Committee le vendredi 3 décembre dernier, le Dr Janaki Sonoo a fait ressortir que le Central Health Laboratory à Candos, dont elle est la directrice, dispose des équipements nécessaires pour faire le séquençage. Mais elle a précisé que les résultats ne peuvent pas être obtenus sur-le-champ et que cela prend un certain temps. Elle a ajouté que l’exercice est une procédure routinière permettant de détecter le type de virus en circulation à Maurice. Dans le cas d’Omicron, selon elle, s’il est avéré qu’il est plus contaminant, il n’a pas encore été prouvé qu’il rend caducs les vaccins, qu’il est plus mortel que d’autres variants, qu’il est plus virulent chez les personnes ayant des comorbidités ou qu’il apporte des symptômes plus sévères. Des analyses sont encore en cours dans plusieurs pays. 

 

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