COVID-19 : le séquençage, la clé pour suivre l’évolution d’un virus

Dans le milieu scientifique, tous s’accorderont à dire que le séquençage du génome d’un virus est important. Dans un contexte dominé par la COVID-19, les Dr Reshma Ramracheya et Houriiya Tegally expliquent cette procédure qui permet de suivre l’évolution d’un virus.

Comment savoir si un virus a muté ? Comment savoir si le vaccin fabriqué pour le combattre est efficace ? Toutes ces questions resteraient sans réponses en l’absence du séquençage du génome (matériel génétique ; NdlR) d’un virus. « Cette procédure permet d’identifier un virus et de faire un suivi de son évolution. La finalité étant de trouver un vaccin pour le combattre », explique d’emblée le Dr Reshma Ramracheya.

Directrice des opérations pharmaceutiques mondiales au Centre international de développement pharmaceutique, elle est également cheffe de groupe et chercheuse à l’université d’Oxford. Selon elle, les scientifiques doivent également siéger à des comités sur lesquels des décisions ayant trait au secteur de la santé sont prises. Elle estime qu’ils pourraient ainsi expliquer la nécessité de se faire vacciner et les raisons pour lesquelles il ne faut pas en avoir peur.

Le Dr Reshma Ramracheya indique que les virus sont des organismes bien plus petits que des bactéries. « Ils n’ont qu’une structure de protéine et leur ADN. Pour se multiplier et survivre, ils ont besoin d’un hôte vivant. Ils pénètrent un organisme à travers un récepteur et se multiplient. Une fois avoir rempli leur fonction au sein d’un hôte, ils passent au suivant pour continuer à survivre », détaille-t-elle. 

La chercheuse ajoute qu’un virus, dans sa version initiale, est considéré comme une « version classique ».

Pour pouvoir suivre sa mutation, il faut faire un séquençage. Tous les organismes ont une séquence génétique unique constituée d’une succession de nucléotides : l’adénine, la thymine, la cytosine et la guanine. Lesquelles sont d’ailleurs symbolisées par les lettres A, T, C et G. Le code génétique comprend donc une combinaison de ces lettres.  « Il y a une séquence spécifique pour les êtres vivants qu’on peut identifier grâce à un appareil. On prend l’ADN du virus qui est isolé. Il est passé par la suite dans la machine de séquençage qui permet d’identifier le type de virus », souligne-t-elle.

Pour le Dr Reshma Ramracheya, il n’y a rien d’étonnant au fait qu’il y ait eu des variants de la COVID-19. « Le propre des virus est justement de muter et de s’adapter afin de survivre, surtout ceux dont le génome est constitué d’ARN (acide ribonucléique ; NdlR), comme le virus de la grippe et les coronavirus. C’est comme cela qu’ils évoluent », explique-t-elle.  Elle ajoute que cette variation dans l’évolution de la COVID-19 est probablement liée à la copie du virus une fois à l’intérieur d’une cellule hôte et à une erreur survenant dans le processus de réplication ou de copie. « Une mutation peut soit affaiblir le virus, soit faciliter son entrée dans la cellule de l’hôte et par extension sa propagation », dit-elle.

Variants

Le Dr Houriiya Tegally, qui est doctorante en bio-informatique et virologie à l’université de KwaZulu-Natal, fait ressortir que c’est grâce au séquençage qu’on découvre les variants d’un virus. « Si dans le cas de la COVID-19 le séquençage n’avait pas été fait pendant une année en Afrique du Sud, on n’aurait pas découvert le variant sud-africain », précise-t-elle.

Elle souligne que les recherches menées autour du génome du virus ont permis de comprendre pourquoi des personnes infectées ont été de nouveau contaminées. « Le séquençage permet de déterminer à quel type de virus on a affaire afin de mieux le combattre. Cela permet de savoir comment une épidémie a commencé et s’il s’agit d’une lignée (famille ; NdlR) ou de plusieurs lignées. Le but ultime étant de contenir le virus », dit-elle.

Il y a plusieurs types de séquençage, dont le séquençage dit primaire. Il est reconnu pour être très fiable, mais il séquence partiellement le virus. Puis il y a le séquençage deuxième génération qui permet de connaître la structure d’un génome dans son entièreté. C’est comme cela que les lignées sont caractérisées.

Plusieurs types de réactifs sont nécessaires pour analyser les échantillons qui ont été amplifiés à travers le test PCR par exemple. « L’échantillon passe par la machine de séquençage pour être analysé. Cela prend du temps et requiert de l’expertise. L’interprétation et l’analyse des résultats obtenus prennent elles aussi du temps et demandent une autre expertise », indique le Dr Houriiya Tegally. Parmi les qualifications requises : une expertise en biologie moléculaire pour l’analyse et une expertise en bio-informatique pour interpréter les données.

Efficacité de l’AstraZeneca, sujet à une polémique

La polémique enfle autour de l’efficacité et des éventuels effets secondaires concernant le vaccin AstraZeneca. « Ce qu’il faut retenir, c’est que le vaccin AstraZeneca a été approuvé par l’Organisation mondiale de la santé et d’autres régulateurs », explique le Dr Reshma Ramracheya. Interrogé sur son point de vue sur l’efficacité du vaccin contre le variant sud-africain, elle fait ressortir que l’essai mené ne dit pas qu’il ne faut pas faire le vaccin.

Maurice a réceptionné un appareil de séquençage

L’appareil pour le séquençage est déjà arrivé à Maurice. Affirmation faite par le ministre de la Santé, Kailesh Jagutpal. Les réactifs devraient arriver dans les semaines à venir. Pour l’instant, tous les tests que Maurice mène sont envoyés en Afrique du Sud afin d’obtenir les résultats du séquençage.  Il semblerait qu’il y ait un laboratoire privé à Maurice qui ait été approché par le ministère pour procéder à ces analyses. L’exercice se déroulerait discrètement. Selon une source, le laboratoire doit observer la confidentialité des résultats obtenus.  Pour ce qui est du prix de l’appareil de séquençage, Le Défi Quotidien a approché le ministère pour obtenir des détails. A l’heure où nous mettions sous presse, nous n’avions pas encore obtenu de réponse.