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COVID-19 - Forte présence de nouveaux sous-variants : la plus grande vigilance prévue

Après la détection de 35 cas des sous-variants de la COVID-19, BA.4 et BA.5, et de trois cas du recombinant BA.1 et BA.2, après un séquençage sur 341 échantillons, il ressort que les sous-variants les plus contagieux de l’Omicron sont déjà très présents sur le sol mauricien. 

Les différents variants

Selon l’arbre généalogique du Sars-Cov-2, dont le premier cas a été détecté à Wuhan en Chine vers la fin de 2019, la Covid-19 a connu plusieurs mutations en provocant la pandémie dont le monde entier en fait l’expérience depuis. 

Les points gris sont des variants d’intérêt et n’ont pas, de ce fait, étaient nommés. Ils n’ont pas eu un taux de transmission très élevé, de virulence ou de maladie sévère.  

Dans l’évolution du coronavirus qui a émergé de Chine (le virus original), il y a eu une première mutation représentée par les deux premiers points gris pour indiquer deux différents types de virus.  

Un des deux a continué à muter pour laisser émerger différents types de variants : Delta, Alpha, Gamma, Omicron, Beta, Delta-plus. 

Le variant Omicron a muté, à son tour, pour donner naissance aux deux premiers sous-variants connus : BA.1 et BA.2. 

Par la suite, le sous-variant BA.2 a lui-même muté pour faire émerger deux nouvelles souches, les BA.4 et BA.5.

En début de semaine, le ministère de la Santé avait détecté trois cas du sous-variant de l’Omicron BA.4 sur le territoire mauricien. Il s’agissait de trois Mauriciens en provenance d’Afrique du Sud. C’était, à ce moment-là, les trois premiers cas connus de ce sous-variant de l’Omicron à l’intérieur de nos frontières.

Mais, les autorités étaient loin de penser que le BA.4 et son petit frère, le BA.5, aussi très contagieux, étaient déjà bien présents sur le sol mauricien.

Vendredi, le ministère de la Santé a rendu publics les résultats sur le séquençage de 341 échantillons collectés du 8 mars au 3 avril. Ils démontrent que les deux sous-variants étaient, à ce moment-là déjà bien présents. Trente-deux cas du BA.4 et trois cas du BA.5 ont été détectés.

À partir de ce constat qui fait craindre une nouvelle vague de la COVID-19, la possibilité de permettre aux Mauriciens de ne plus porter de masque et de permettre des rassemblements de plus de 50 personnes avant le 30 juin s’éloigne.

« Il va falloir redoubler de vigilance, car, dans plusieurs pays, dont l’Afrique du Sud, le BA.4 et le BA.5 ont été à l’origine d’une nouvelle vague. On n’a certainement pas besoin de ça à Maurice. On va donc rehausser la surveillance quant au respect des gestes barrières. Permettre d’enlever le masque dans certains lieux publics n’est pour le moment pas à l’agenda, tout comme autoriser des rassemblements de plus de 50 personnes. », confie-t-on au niveau du High Level Committee sur la COVID-19. S’ils ont été décrétés plus contagieux par l’Organisation mondiale de la Santé (OMS), la virulence des deux sous-variants reste à déterminer. Selon les indications, ils ne provoquent pas de maladies sévères, mais peuvent s’avérer dangereux pour ceux qui ne sont pas vaccinés et qui ont des comorbidités, explique le Dr Soobaraj Sok Appadu, responsable de la campagne nationale contre la COVID-19 et directeur de l’hôpital ENT qui recueille les patients les plus sévèrement atteints de la COVID-19.

Le virologue Dr Shameem Jaumdally prévoit, à la lumière des résultats de l’exercice de séquençage, une nouvelle vague en juin. De son point de vue, la nouvelle vague sera un fait lorsque les sous-variants BA.4 et BA.5 prendront le dessus sur les autres souches. « Ces deux sous-variants vont surclasser le BA.1 et le BA.2 et entraîner une nouvelle vague de COVID-19 », dit-il, en précisant que ces sous-variants sont en train d’établir des petits foyers un peu partout dans le pays. « C’est la condition idéale pour une nouvelle vague ».

À cela il faut ajouter qu’en période d’hiver, où il faut plus frais, les gens ont tendance à fermer les portes et les fenêtres. Ceci favorise la circulation du virus, affirme le Dr Sok Appadu.

Résultats du séquençage

Le ministère de la Santé a rendu publics, vendredi, les résultats du séquençage de 341 échantillons prélevés sur des personnes testées positives à la COVID-19. L’exercice a été effectué du 8 mars au 3 avril. Ils démontrent que les sous-variant les plus contagieux de l’Omicron sont bien présents à Maurice. Ci-dessous les résultats du séquençage :

  • Omicron BA.1 - 18 (16 cas local, 2 importés)
  • Omicron BA.2 - 285 (276 local, 9 importés)
  • Omicron BA.4 - 32 (27 local, 5 importés)
  • Omicron BA.5 - 3 cas locaux
  • Recombinant BA.1 et BA.2 - 3 cas locaux

L’évolution de la COVID-19

Le variant Delta qui avait fait son apparition à Maurice vers le mois de septembre 2021. Plus virulent que variant « mauricien », le B.1.1.318 qui a circulé à Maurice dès l’apparition de la COVID-19 à Maurice en mars 2020. Cela, jusqu’à ce que Maurice soit déclaré « COVID-19 Safe » jusqu’en mars 2021 quand le pays a été confronté à une résurgence de nouveaux cas dû au même virus « original » que le pays a connu initialement en 2020. 

Le BA.1 est le premier sous-variant de l’Omicron qui a émergé en Afrique du Sud. Il a été dépisté sur des personnes en provenance de la Namibie.

Le BA.2 est une mutation du BA.1. Il a émergé en Afrique du Sud également. C’est cela qui a provoqué les demi-vagues notées dans différents pays du monde.  Les BA.4 et BA.5 sont les derniers sous-variants qui ont eux aussi émergé en Afrique du Sud. Ils étaient probablement présents dans le pays depuis décembre 2021. Mais c’est seulement maintenant que le nombre de cas est monté en flèche. À Maurice, le variant Omicron a pris du temps pour émerger en raison de l’effet fondateur du variant Delta. Le virus s’est alors répandu un peu partout dans le pays. En raison du nombre de foyers, le variant Omicron, détecté à Maurice vers le mois d’octobre 2021, n’a pu le surclasser immédiatement même s’il est plus contagieux que le Delta.  C’est la même chose qui s’est passée avec l’Omicron et ses sous-variants. Les sous-variants BA.1 et BA.2 se sont propagés tellement vite dans les pays et le nombre de cas d’infections était tellement élevé que le nombre de cas des sous-variants BA.4 et BA.5 n’a pu prendre l’ascenseur de façon rapide. Cela même s’ils sont sensiblement plus infectieux que leurs prédécesseurs (BA.1 et BA.2).

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